زمانی که کار زیادی انجام می‌دهیم؛ اما به نتایج موردنظر نمی‌رسیم؛ یعنی در اجرای آن‌ها مشکلات و موانعی وجود دارد. مشکلات، انواع مختلف و راهکارهای متفاوتی نیز دارند و غلبه بر آن‌ها برای بسیاری می‌تواند یک چالش جدی باشد. برای حل مشکلات در اولین قدم باید وجود مشکل را قبول و علت یا علل آن را شناسایی کنیم. تعیین اینکه مشکلات از کجا سرچشمه می‌گیرد و پیداکردن راه‌حل‌های مناسب برای هر کدام از آن‌ها زمان‌بر خواهد بود؛ اما برداشتن این گام برای هر مشکل ضروری است و بدون پیداکردن صحیح مشکل تمام تلاش‌های ما بدون نتیجه می‌ماند.
یکی از مشکلات اصلی بهره‌وری، مشکلات مربوط به سازمان‌هاست؛ مشکلات سازمانی، مشکلاتی هستند که چندین واحد و تیم را در یک سازمان درگیر می‌کنند و اگر برای اصلاح آن‌ها اقدامی نشود، بر عملکرد کل سازمان تأثیر منفی می‌گذارند. مشکلات مربوط به بهره‌وری در سازمان‌ها در چهار حوزه اصلی انسانی، فنی، مالی و مدیریتی تقسیم‌بندی می‌شود که تعدادی از آن‌ها عبارتند از:
مشکلات انسانی:
نداشتن آگاهي از مفهوم بهره‌وری؛
مقاومت در برابر تغيير از سوي مدیریت و كاركنان؛
فرهنگ كاري ضعيف؛
تعهد و مشاركت كم (نبودن روحيه مشاركت پرسنل در مسائل و مشكلات اداري)؛
نداشتن مهارت‌های كاري لازم؛
نداشتن حسن مسئوليت و دلسوزي و عدم وجود انگيزش كاري در بعضي از موارد هم براي مدیران و هم براي كاركنان؛
رعایت‌نکردن استانداردهای كار (تورم نيروي كاري و به‌ویژه نيروهاي غیرمولد)؛
ارتباط ناکافی و غیرمؤثر بين رده‌های مختلف كاري؛
كاربرد نادرست نيروي انساني، باتوجه‌به تخصص و عدم برنامه آموزشي صحيح و هدف‌دار، منطبق با اهداف شركت؛
پائين بودن سطح علمي اكثر كاركنان.
مشکلات فنی:
تكنولوژي، ماشین‌آلات و فرایند توليد قدیمي و فرسوده؛
استاندارد نبودن توليد؛
بهره‌وری بسيار پائين از سرمایه؛
فعال نبودن و ارزش ندادن به بخش‌های طراحي و تحقيقاتي و عدم توجه به دانش فني (تكنولوژي)؛
مشكل تهيه مواد اوليه در زمان مناسب، براي توليد؛
پائين بودن ميزان توليد نسبت به ظرفيت اسمي؛
بالابردن ميزان ضایعات و متوقف‌شدن توليد، به علل مختلف؛
پائين بودن كيفيت محصولات تولیدی.
مشکلات مالی:
مشكلات نقدینگی و تأمین منابع مالی؛
مشكل عدم دستیابی به بازارهای جدید و خارجی؛
عدم بازاریابی برای محصولات و عدم شناخت بازار و ارزیابی رقبا؛
عدم تخصیص بودجه و سرمایه‌های بهینه، در مورد واحدهای چندمحصولی.
مشکلات مدیریتی:
كارایي نداشتن سیستم‌های اقدامات مسائل کم‌اهمیت؛
عدم شناخت مدیران از راه‌های كاهش هزینه‌ها و افزایش توليد؛
عدم توجه به دوبعدی بودن مدیریت؛
تصمیم‌گیری‌های مالكيتي توسط مدیران براي واحد تحت سرپرستي (این امر بسياري از سرمایه‌ها را به هدر داده است).
مهم‌ترین مشکل بهره‌وری، بهره‌وری فردی است که می‌تواند در تمام ابعاد زندگی انسان‌ها تأثیرگذار باشد. تعدادی از این مشکلات فردی عبارتند از:
نداشتن اولویت‌بندی؛
نداشتن برنامه‌ریزی؛
وجود عوامل حواس‌پرتی؛
نداشتن و یا اهمیت‌ندادن به اهداف زندگی؛
نداشتن فضای مناسب؛
عادت‌های ناسالم و مضر؛
نداشتن استرس؛
وضعیت انرژی درونی نامناسب.